Coronavirus-oprindelse: genomanalyse foreslår, at to vira kan have kombineret

Billede via Michal Ico / Unsplash

Denne artikel af Alexandre Hassanin er genudgivet her med tilladelse fra Samtalen . Dette indhold deles her, fordi emnet kan interessere Snopes-læsere, det repræsenterer dog ikke arbejdet fra Snopes faktakontrol eller redaktører.


I løbet af et par uger har vi alle lært meget om COVID-19 og den virus, der forårsager det: SARS-CoV-2. Men der har også været mange rygter. Og mens antallet af videnskabelige artikler om denne virus stiger, er der stadig mange grå områder med hensyn til dens oprindelse.



I hvilke dyrearter fandt den sted? En flagermus, en pangolin eller en anden vild art? Hvor kommer det fra? Fra en hule eller en skov i den kinesiske provins Hubei eller andre steder?

I december 2019 gik 27 af de første 41 indlagte (66%) gennem et marked beliggende i hjertet af Wuhan by i Hubei-provinsen. Men ifølge en undersøgelse udført på Wuhan Hospital , det allerførste identificerede menneskelige tilfælde hyppede ikke dette marked. I stedet, et molekylært dateringsestimat baseret på SARS-CoV-2 genomiske sekvenser angiver en oprindelse i november. Dette rejser spørgsmål om forbindelsen mellem denne COVID-19-epidemi og dyrelivet.

Genomiske data

Det SARS-CoV-2 genom blev hurtigt sekventeret af kinesiske forskere. Det er en RNA 30.000 baser indeholdende 15 gener, inklusive S-genet, der koder for et protein placeret på overfladen af ​​den virale hylster (til sammenligning er vores genom i form af en dobbelt helix af DNA, der er ca. 3 mia. baser i størrelse og indeholder ca. 30.000 gener).

Sammenlignende genomiske analyser har vist, at SARS-CoV-2 tilhører gruppen af Betacoronavirus og at det er meget tæt på SARS-CoV , ansvarlig for en epidemi af akut lungebetændelse, der optrådte i november 2002 i den kinesiske provins Guangdong og derefter spredte sig til 29 lande i 2003. I alt blev 8.098 tilfælde registreret, inklusive 774 dødsfald. Det er kendt, at flagermus af slægten Rhinolophus (potentielt flere hule arter) var reservoir af denne virus og at en lille kødædende, palmecivet ( Paguma larvata ), kan have tjent som en mellemliggende vært mellem flagermus og de første menneskelige tilfælde.

Siden da har mange Betacoronavirus er blevet opdaget, hovedsageligt hos flagermus, men også hos mennesker. For eksempel RaTG13, isoleret fra en flagermus af arten Rhinolophidae relateret indsamlet i Kinas Yunan-provins, er for nylig blevet beskrevet som meget lig SARS-CoV-2, med genom sekvenser identiske med 96% . Disse resultater indikerer, at flagermus og især arter af slægten Rhinolophus , udgør reservoiret for SARS-CoV og SARS-CoV-2 vira.

En, Rhinolophidae relateret .
Alexandre Hassanin,Forfatter forudsat

Men hvordan definerer man et reservoir? Et reservoir er en eller flere dyrearter, der ikke er eller ikke er særlig følsomme over for virussen, som naturligt vil være vært for en eller flere vira. Fraværet af symptomer på sygdommen forklares ved effektiviteten af ​​deres immunsystem, som giver dem mulighed for at kæmpe mod for meget virusproliferation.

Rekombinationsmekanisme

Den 7. februar 2020 lærte vi, at en virus, der var tættere på SARS-CoV-2, var blevet opdaget i pangolin. Med 99% af genomisk overensstemmelse rapporteret , dette foreslog et mere sandsynligt reservoir end flagermus. Imidlertid er en nylig undersøgelse under gennemgang viser, at genomet af coronavirus isoleret fra malaysisk pangolin ( Manis javanica ) ligner mindre SARS-Cov-2 med kun 90% af genomisk overensstemmelse. Dette vil indikere, at den virus, der er isoleret i pangolin, ikke er ansvarlig for COVID-19-epidemien, der i øjeblikket raser.

Imidlertid er coronavirus isoleret fra pangolin ens ved 99% i et specifikt område af S-proteinet, hvilket svarer til de 74 aminosyrer, der er involveret i ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2) -receptorbindingsdomænet, det, der tillader virussen at komme ind menneskelige celler til at inficere dem. I modsætning hertil isolerede virussen RaTG13 fra flagermus R. relateret er meget divergerende i denne specifikke region (kun 77% af ligheden). Dette betyder, at coronavirus isoleret fra pangolin er i stand til at komme ind i humane celler, mens det der er isoleret fra flagermus R. relateret er ikke.

Derudover antyder disse genomiske sammenligninger, at SARS-Cov-2-virussen er resultatet af en rekombination mellem to forskellige vira, den ene tæt på RaTG13 og den anden tættere på pangolin-virussen. Med andre ord er det en kimære mellem to allerede eksisterende vira.

Et coronavirus fra pangolin kan være en af ​​kilderne til COVID-19.
Wildlife Alliance / Flickr , CC BY

Denne rekombinationsmekanisme havde allerede er beskrevet i koronavirus, især for at forklare oprindelsen af ​​SARS-CoV. Det er vigtigt at vide, at rekombination resulterer i en ny virus, der potentielt er i stand til at inficere en ny værtsart. For at rekombination kan forekomme, skal de to divergerende vira have inficeret den samme organisme samtidigt.

To spørgsmål forbliver ubesvarede: i hvilken organisme fandt denne rekombination sted? (en flagermus, en pangolin eller en anden art?) Og frem for alt, under hvilke betingelser fandt denne rekombination sted?


Alexandre Hassanin , Lektor (HDR) ved Sorbonne University, ISYEB - Institute of Systematics, Evolution, Biodiversity (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Nationalmuseet for Naturhistorie (MNHN)

Denne artikel er genudgivet fra Samtalen under en Creative Commons-licens. Læs original artikel .